Período clandestino
En los años 1981-1985 la represión hizo imposible el desarrollo de una lucha abierta. Se dio un repliegue y dislocación del CUC, y se dejó de tener expresión pública en Guatemala. En su vez, se abrieron oficinas internacionales en EEUU, Canadá, México, Nicaragua y Costa Rica, y se logró tener representación en España y Brasil.
El CUC entonces se desarticuló, las reuniones con CONACO (Comisión Nacional de Coordinación) y CORECO (Coordinadora Regional de Coordinación) ya no se realizaban, regresando los dirigentes a sus comunidades. Dejaron de funcionar también las Comisiones Zonales de Coordinación (COZOCO) y las Comisiones Locales de Coordinación (COLOCO).
Reestructuración
A pesar de la represión, el CUC nunca murió, sino que sus miembros lograron resistir y vivir luchando en medio de la difícil situación. “Quemaron nuestro tronco, pero no pudieron matar nuestras raíces”. Y es por eso que se pudo reconstruir la organización en todas sus partes.
Arrancaron nuestros frutos,
cortaron nuestras ramas,
quemaron nuestro tronco,
pero no pudieron matar nuestras raíces.
El 14 de marzo 1985 se realizó una reunión extraordinaria en México para reorganizar el CUC. La asamblea reconstitutiva fue apoyada por el EGP (Ejército Guerrillero de los Pobres). Era en esta organización donde más participaban las comunidades y bases del CUC en el período clandestino.
Se elaboró un documento de trabajo que definía la lucha por la Madre Tierra, los salarios justos, la desmilitarización, la disolución de las PAC (Patrullas de Autodefensa Civil), los derechos humanos y contra la discriminación hacia la población indígena. En los próximos años reinició el trabajo organizativo en el Quiché y Huehuetenango a pesar de la represión y el control llevado por el ejército, las PAC y la G2 (inteligencia militar).
Abriendo nuevos caminos
De allí se retomaron las luchas del CUC, empezando con las grandes huelgas en la Costa Sur en los años 1987, 1988, 1989, y en 1990 donde la huelga alcanzó una participación de 60,000 campesinos. La respuesta fue cada vez una fuerte represión contra los campesinos de parte del ejército y la policía nacional. Sin embargo, se logró paralizar las fincas y obligar a los finqueros a negociar, y se lograron pequeños aumentos de sueldo decretados por el congreso.
En estas ocasiones se coordinó con los sindicatos de UNSITRAGUA para hacer manifestaciones en la ciudad y a la vez llevar la lucha de finca en finca. Fue una entrada amplia y abierta del CUC en la reactivación del movimiento popular, y en enero 1988 el CUC se integró formalmente a la Unidad de Acción Sindical y Popular-UASP-. Asimismo, el CUC brindó aporte a otras organizaciones populares como CONAVIGUA, CERJ, CONDEG, ACG, RED DDHH, MAJAWIL y la Defensoría Maya.
Desde el año 1991 se realizaron fuertes luchas por la tierra y ocupaciones de fincas en la Costa Sur, y luego en el Nororiente. Asimismo, se intensificó la lucha por terminar con las Patrullas de Autodefensa Civil -PAC- y con el reclutamiento forzado. Los campesinos de Zacualpa, el Quiché, fueron ejemplares en esta lucha, enfrentándose a las autoridades, a los comisionados militares de las PAC y al ejército, hasta lograr terminar con las Patrullas.
En el 1992 el CUC sufrió una crisis interna y se dividió cuando parte de sus dirigentes, cuadros y bases campesinas salieron a formar la CONIC. No obstante, este mismo año se logró la formación de la Coordinadora Nacional de Organizaciones Campesinas -CNOC-, donde el CUC se unió a las organizaciones hermanas, y se realizó el primer congreso nacional campesino.
En el 1992 vino también la celebración planteada por España sobre el Quinto Centenario del llamado "Encuentro Cultural".
El CUC tuvo protagonismo y participó activamente en las actividades del Encuentro Internacional de los Pueblos Indígenas y la campaña “Quinientos Años de Resistencia Indígena, Negra y Popular”.